Morten Beck slog igennem hos Skive IK, hvor han skiftede til i sommeren 2009 fra AGF og spillede frem til 2013. I alt blev det til 35 mål i 105 kampe hos de gulblusede, inden han skiftede videre til Silkeborg. Også her var han manden med målene og med 20 scoringer i 13/14-sæsonen var han med til at sikre oprykning til Superligaen.

Siden har Beck både været forbi Hobro, islandske Reykjavik og FC Fredericia, inden han i sommeren 2017 skrev under på en toårig kontrakt med Viborg FF.